Реки Японии относительно коротки: самая протяженная из них, Синано, имеет длину всего лишь 367 км. Однако уклон рек крут; много потоков свергаются вниз водопадами, пока не достигают моря. Это приводит к большим перепадам уровня воды: так, во время разливов река Тонэ может соперничать с Нилом.
Озера в Японии двух типов: мелководные лагунные озера на прибрежных низменностях и озера тектонического происхождения, образовавшиеся в результате разломов (озеро Бива) или на месте кратеров вулканов (озеро Товада).
